Menurut sumber cerita dari para sesepuh  Seperti 1. KH MOH ROFI`I Alm, 2. KH SYARQOWI Alm, 3. KH MOH HADI Alm, 4. KH MOH NGABDAI Alm Desa Banyubiru dulunya pada masa kerajaan mataram ketika yang menjadi raja SULTAN AGUNG pada waktu itu pemerintah belanda sedang berkuasa di Bumi jawa.

Ketika SULTANG AGUNG berkuasa di kerajaan Mataram ternyata hal itu tidak disukai oleh pemerintah Belanda, karena dianggap menentangnya.Belanda mengirim tentara di Mataram dan berhasil memukul mundur prajurit Sultan Agung,begitu juga termasuk Sultan Agung dapat dikalahkan dan akhirnya mengungsi diluar kota. Namun demikian ada salah satu prajurit yang berpangkat Temenggung bernama KERTOIDJOYO,terpisah dengan Sultang Agung dan berusaha mencarinya dengan waktu yang cukup lama, terus berjalan kearah timur. Didalam perjalannya KERTOIDJOYO cukup lama maka sampailah ditengah-tengah hutan yang sangat lebat akhirnya Kertoidjoyo beristirahat.Ketika beristirahat KERTOIDJOYO menemukan Sendang ( Danau Kecil ) yang airnya sangat jernih. Karena Sangking jernihnya tampaknya agak kebiru-biruan,dengan rasa gembira lalu KERTOIDJOYO meminum dengan sepuasnya.

Setelah beliau puas meminumnya lalu beristirahatlah dibawah pohon yanga amat rindang daun-daunya,sambil ber fikir lalu akan kemana tujanku dan sampai kapan aku dapat menjumpai Baginda Sultan Agung?

Demikianlah dalam angan-angannya, akhirnya diputuskanya sementara tinggal ditempat itu, karena tempat itu dirasa aman dan mata air yang sangat jenih. Lalu Beliau mendirikan tempat berteduh ( Gubug ) sambil menunggu situasi aman di Mataram.Lambat laun tempat itu menjadi ramai dan merupakan desa dan dinamakan Banyubiru yang artinya airnya sangat kebiru-biruan.